Eureka - In Eureka overleven slechts drie mensen een gewelddadige buskaping op het Japanse eiland Kyushu. De gebeurtenis ontwricht het leven van buschauffeur Makoto en de scholieren Kozue en Naoki volkomen. De getraumatiseerde chauffeur verdwijnt uit zicht en de kinderen blijven alleen achter in hun ouderlijk huis zonder moeder of vader. Ze zijn letterlijk met stomheid geslagen en communiceren met behulp van gebarentaal.

Na twee jaar afwezigheid trekt Makoto bij de kinderen in. De drie vormen een surrogaatfamilie, nauwlettend in de gaten gehouden door de student Akihiko, Kozue?s en Naoki?s neef. In een poging definitief met de gewelddadige gebeurtenissen in het reine te komen koopt Makoto een bus om met de kinderen op reis te gaan. Plaats van vertrek: de parkeerplaats waar de gijzeling plaatsvond. Tijdens de busreis proberen de drie ex-gijzelaars het traumatische verleden van zich af te schudden.