Mysterious Island - Richmond, Virginia, 1865. Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog is kapitein Cyrus Harding een gevangene van de Zuidelijken. Harding weet te ontsnappen in een ballon van de Noordelijken, samen met de oorlogscorrespondent Gideon Spilett, de zeeman Jack Pencroft, zijn geadopteerde zoon Herbert ?Bert? Brown en Hardings zwarte butler Neb. De ballon komt na een storm uiteindelijk neer op een afgelegen eiland. Op dit eiland landt met een ruimteschip Ruru. Ruru, die afkomstig is van de planeet Mercurius, zoekt op aarde radioactief materiaal, wat zij nodig heeft voor de wereldheerschappij. Het gestrande gezelschap moet het niet alleen opnemen tegen de buitenaardse Ruru en haar handlangers, maar ook tegen de Volcano stam en piraten onder leiding van kapitein Shard, die het eiland aandoen. Ze kunnen echter rekenen op de steun van de mysterieuze kapitein Nemo, die met zijn onderzeeboot af en toe het eiland aandoet.