Bats '99 - Dr. Sheila Casper, een zoöloge die vleermuizen bestudeert, wordt samen met haar assistent Jimmy naar Gallup, een slaperig stadje in een woestijnachtige streek van Texas, geroepen. Wanneer de nacht er valt, vliegen grote zwermen vleermuizen de stad binnen en vallen alle levende wezens die ze tegenkomen aan. Sheila en Jimmy proberen samen met sheriff Emmett Kimsey een manier te vinden om de vleermuizen tegen te houden.