Batman - Ninja - Batman, samen met bondgenoten en vijanden, vindt hemzelf eerst in het modern Gotham en vervolgens in het feodale Japan. In deze baanbrekende anime-speelfilm blazen Japans beste tekenaars Batman en zijn belagers nieuw leven in. In Gotham City stuurt de defecte tijdverplaatsingsmachine van Gorilla Grodd een stel slechtgezinde schurken naar het Japan van de middeleeuwen. Lukt het de Caped Crusader om de verdorven Lord Joker en andere tirannen te stoppen voor ze de geschiedenis herschrijven?