Alphas S2 - Alphas volgt een team van gewone burgers wiens hersenen individueel afwijken doordat ze buitengewone mentale en fysieke krachten hebben. Ze nemen de wet in eigen handen doordat ze, onder leiding van Dr. Lee Rosen, onderzoek doen naar zaken die de CIA, FBI en het Pentagon niet konden of wilden oplossen. Deze hoogbegaafde individuen moeten een balans vinden tussen hun eigenzinnige persoonlijkheden en hun niet altijd zichtbare krachten. Ze moeten samenwerken om misdaden op te lossen, de tikkende tijdbom te stoppen en de vijand te vangen.