Alcatraz S1 - Detective Rebecca Madsen en Doctor Diego Soto (gespecialiseerd in de geschiedenis van Alcatraz) werken samen met een geheim agentschap dat is opgericht om de verdwenen gevangenen terug te vinden en te arresteren. Deze gevangenen zijn z'n 50 jaar geleden verdwenen en duiken nu terug op. Samen met Emerson Hauser en Doctor Lucy Banerjee van het speciaal agentschap moeten ze proberen zo snel mogelijk alle gevangenen lokaliseren.