W.w.j.d. The Movie - Duke en de andere Joes vechten het uit tegen Cobra om de B.E.T. - the Broadcast Energy Transmitter, een nieuwe uitvinding die gebruikt kan worden om aardbewoners te muteren vanuit de ruimte. Dit keer hebben Cobra Commander en Serpentor hulp van de Cobra-La, een groep mutanten die de wereld willen veroveren.