Tropa de Elite 2 - Het verhaal speelt zich 13 jaar na het eerste deel af. Kapitein Nascimento wordt geconfronteerd met nieuwe vijanden: de milities, corrupte politieagenten die zich opdringen bij de bevolking van de sloppenwijken. Wanneer hij in aanraking komt met het 'systeem' dat Rio de Janeiro controleert komt hij er achter dat het probleem veel groter is dan hij dacht. Maar dat is niet alles. Hij moet omgaan met de uitdaging van een stad die gedomineerd wordt door criminaliteit in combinatie met de constante bezorgdheid over een puberende zoon. Wanneer zijn persoonlijke en professionele wereld botsen is het resultaat explosief.