Red Faction - Armageddon - Armageddon speelt zich af op Mars, en pakt het verhaal enkele tientallen jaren later op. De kolonisten van Mars zijn gevlucht naar de ondergrondse mijnenstelsels van Mars nadat het klimaat op de rode planeet radicaal veranderd is. Het hoofdpersonage Darius Mason opent in de ondergrondse wereld een poort waar een eeuwenoud kwaad uit ontsnapt. Darius moet vervolgens samenwerken met de Red Faction-rebellen om dit buitenaardse kwaad te verslaan.