Alpha Protocol - In Alpha Protocol speel je als Michael Thorton, een getalenteerde en jonge agent, die door zijn eigen overheid op straat is gezet. Thorton is echter de enige persoon die bepaalde informatie heeft waarmee een internationale ramp voorkomen kan worden. Gedurende het verhaal komt Thorton een complot rondom internationale wapenhandel op het spoor, waarbij spelers de keuze krijgen hoe ze met deze situatie om willen gaan.
Als speler bepaal je zelf hoe je de verschillende opdrachten uitvoert, de keuzes maakt en de acties onderneemt. Iedere keuze die je maakt heeft invloed op het lot van de wereld en vormt Thorton tot het type geheim agent dat de speler voor ogen heeft. Op deze manier bepalen de keuzes van de speler ook het einde van de game.