Evangelion 1.01: You Are Not Alone - Vijftien jaar na de "Tweede Impact", een ramp van een nooit geziene omvang die de helft van de mensheid heeft vernietigd, nemen de overlevenden beetje bij beetje hun dagelijkse leven weer op. Een 14-jarige tiener, Shinji Ikari, wordt door zijn vader, die hij al enkele jaren niet meer heeft gezien, naar Tokio 3 geroepen. Een reusachtig schepsel, een "Engel", duikt op in de stad. Het leger zet onmiddellijk de aanval in maar tevergeefs.
In het hoofdkwartier van de NERV, een geheime organisatie, komt Shinji achter het bestaan van een gigantisch humanoide wapen. Zijn vader geeft hem de opdracht onmiddellijk het bevel erover te nemen en de strijd tegen de Engel aan te gaan. En zo komt Shinji aan boord van de Eva-01 terecht.
Het lot van de hele wereld rust op zijn schouders maar hoe zal Shinji deze eerste strijd aanpakken? En wat verbergt dit "complementariteitsplan van de mens" dat blijkbaar te maken heeft met de "Tweede Impact"? Gendo Ikari, de man die misschien het antwoord op deze vragen heeft, kijkt in alle stilte toe hoe zijn zoon een hopeloze strijd aangaat...